Sous l'effet de l'augmentation du prix du gaz naturel, les opérateurs des usines de bioéthanol songent de plus en plus à se convertir au charbon pour leurs besoins énergétiques. Pour l'instant, seules 4 des 100 usines d'éthanol en production aux USA recourent à cette énergie fossile, mais selon certains spécialistes, cette tendance devrait s'imposer pour les 190 installations en cours de construction ou en projet. La conversion au charbon des installations de production d'éthanol aurait des conséquences négatives sur la performance environnementale du biocarburant. En effet, la conversion en éthanol de la matière première, le maïs, est déjà très consommatrice en énergies fossiles, au point que certains scientifiques vont jusqu'à contester sa rentabilité énergétique (voir BE Etats-Unis n°20, " De Berkeley à Cornell... "). En matière d'émissions de gaz à effet de serre, le biocarburant issu des usines fonctionnant au charbon offrirait un bénéfice réduit par rapport au biocarburant issu d'un procédé au gaz naturel (-19% de réduction d'émissions par rapport aux carburants conventionnels contre -38%). L'EPA envisage de relâcher les contraintes réglementaires pesant sur les émissions des polluants réglementés par le Clean Air Act émanant des usines de bioéthanol. Le maximum actuel de 100 tonnes par polluant et par an passerait à 250 tonnes par an (maximum s'appliquant déjà aux installations de production d'éthanol destinées aux autres usages). Ce projet, véritable encouragement au recours au charbon, est fortement soutenu par un collectif du Congrès, ainsi que par la Renewable Fuel Association qui mettent en avant la nécessité de faciliter un développement rapide du marché et des capacités industrielles en bioéthanol. Dans la phase émergente de cette nouvelle industrie prétendent-ils, il convient de privilégier la croissance aux innovations technologiques sur le procédé. Les opposants à cette nouvelle réglementation objectent que le marché des biocarburants a doublé en 4 ans aux USA et que des technologies prometteuses sont déjà disponibles pour s'affranchir de toute énergie fossile dans la conversion du maïs en éthanol. Une usine du Nebraska utilisant de la biomasse animale comme base énergétique réaliserait d'ores et déjà un gain de -70% par rapport à l'essence sur les émissions de gaz à effet de serre, se rapprochant ainsi des gains escomptés pour l'éthanol issu des matériaux cellulosiques (-88%).
