Si de nouveaux virus, tel celui de la grippe H1N1, ne cessent d'apparaître, d'autres beaucoup plus anciens, vieux parfois de centaines de millions d'années, sont inscrits au sein de notre ADN. Ces virus ont colonisé les cellules reproductrices de nos ancêtres qui nous les ont transmis, d'où leur nom de "rétrovirus endogènes". Bien que présents dans notre patrimoine génétique, ces virus n'en sont pas moins inactifs. Dans une étude publiée par la revue britannique Nature [1], une équipe de chercheurs de l'Ecole polytechnique fédérale de Lausanne (EPFL) dirigée par Dider Trono a mis à jour le mécanisme de neutralisation des rétrovirus par l'organisme. Il souligne que les effets des mutations induites par les rétrovirus n'ont pas été seulement négatifs. Sont ainsi inscrits dans notre génome les traces de deux vagues de rétrovirus, il y a 100 millions d'années, lors du développement des mammifères, ainsi qu'il y a 50 millions d'années, avant l'apparition des premiers primates anthropoïdes.
Pour cette découverte, les scientifiques ont utilisé des embryons de souris. Dans les premiers jours (cinq ou six) de l'embryogenèse, les rétrovirus endogènes sont inhibés par des protéines telles que l'histone méthyltransférase, la protéine hétérochromatine 1, ou le complexe de déacétylases d'histones NuRD. L'ensemble de ces protéines inhibitrices est commandé par la protéine maître KAP1. L'équipe de l'EPFL a montré que la suppression de KAP1 entraîne une perte de l'effet des protéines inhibitrices. Les rétrovirus, notamment les particules intracisternales de type A, ne sont dès lors plus régulés. Ils se réveillent de leur long sommeil : les milliers de mutations de l'ADN qu'ils induisent mènent alors à la mort de l'embryon. KAP1 contrôle donc les rétrovirus endogènes durant le développement primitif de l'embryon.
L'étude des propriétés du VIH est aujourd'hui explorée par Didier Trono et ses collaborateurs. Le VIH est en effet capable de rester temporairement silencieux au sein de notre organisme, trouvant ainsi dans ce sommeil une échappatoire aux traitements appliqués. Les chercheurs de l'EPFL souhaitent pouvoir déterminer si la protéine KAP1 joue un rôle dans cet endormissement : "Nous pourrions [...] imaginer réveiller les virus endormis pendant la thérapie, pour les éliminer aussi", projette Didier Trono.