La nutrigénomique est une spécialité récente qui a pris naissance avec la caractérisation du génome humain et l'avènement de la génomique fonctionnelle. Elle étudie l'influence des pratiques alimentaires sur la variabilité des réponses du génome en fonction de facteurs environnementaux. En effet, les aliments participent de façon active aux processus biologiques et sont capables d'entraîner des mutations de gènes (mutations géniques classiques) ou des épimutations (mutations épigénétiques) qui ne modifient pas la séquence du gène mais qui peuvent modifier son comportement. Ces mutations épigéniques peuvent être transmissibles. Deux journées de réflexion sur l'avenir de la nutrigénomique ont été organisées les 1er et 2 juin par la National Academies à l'"Institute of Medicine" de Washington.
Bien qu'il soit nouveau, cet axe de recherche est dynamique et le budget alloué par le NIH pour ses différents projets est d'environ 1,3 milliard de dollars. Il concerne deux objectifs principaux : d'une part, comprendre les interactions entre les aliments et le génome et d'autre part, évaluer l'effet des variations génétiques sur les interactions entre les maladies et le régime alimentaire. Durant cette rencontre, le projet Hap Map a été aussi discuté. C'est un programme destiné à identifier les SNP (Single Nucleotide Polymorphism). Les SNP sont des variations ponctuelles d'une paire de base de l'ADN. Les S.N.P sont des outils qui permettent d'identifier des génotypes (reconnaître des personnes par exemple), à partir d'échantillons de matière organique, ou permettent de contribuer à la construction d'arbres généalogiques d'êtres vivants ou d'espèces. 300.000 SNP ont été identifiés à ce jour. D'autres programmes ont également été présentés : - le "Genetic Association Information Network" (GAIN) financé par les NIH et par des partenaires privés (Pfizer, Penleger, Affymetrix, Abott...) développe des études permettant d'associer l'analyse du génome et les maladies. - le "Genes and Environment Initiative" (GEI), dont la proposition de budget faite aux NIH pour l'année 2007, permettrait d'accélérer la compréhension de l'implication de la génétique et de l'environnement dans l'apparition des maladies. Ces deux derniers ont été largement inspirés du "European Nutrigenomics Organisation" (NuGO) dont le but est d'intégrer et de faciliter la recherche nutrigénomique. Ce programme européen a d'ailleurs été souvent cité.
Différents aspects ont été abordés lors de ces journées :
1) L'impact des variations nutritionnelles et génétiques. Les effets des SNP ont été présentés. Les variations génétiques semblent perturber le réseau métabolique dans lequel la protéine est impliquée. Les études s'avèrent cependant très compliquées car un sujet comme l'obésité implique plus de 20 protéines possédant des SNP.
2) L'épigénétique Les facteurs épigénétiques montrent que la nutrition via ses apports peut modifier des molécules et agir sur le phénotype. Les souris "agouti" apportent un exemple efficace puisque leur régime alimentaire peut modifier le niveau de méthylation de l'ADN et changer la couleur des souris (de jaune à noir)
3) Les systèmes biologiques Pour tester les paramètres génétiques et nutritifs, les modèles biologiques utilisés sont classiques : drosophile, souris. Les sujets abordés (cancer du colon, diabète, obésité) tendent à montrer que les individus ne sont pas tous égaux en fonction de la nutrition et de ses effets. La solution informatique a également été avancée avec la construction d'un réseau métabolique humain. Selon les informaticiens, cette méthode permet de simuler les effets de la nutrition et d'évaluer ses conséquences.
4) Les implications futures En conclusion de ces journées, les chercheurs ont tenu à réfléchir sur les évolutions à donner à leur discipline. Ils ont précisé que pour le moment les recherches étaient à un stade fondamental et qu'aucune application ou découverte clinique n'a été faite. Les journalistes scientifiques présents sont d'ailleurs décidés à orienter leur communication en conséquence avec des massages abordables (clairs et simples). Cette orientation a été choisie afin de se prémunir d'un effet d'annonce de type "séquençage du génome" ou "thérapie génique" dont les découvertes n'ont pas été suivies par les applications escomptées.
Les objectifs à développer pour atteindre l'objectif final, qui est d'adapter les conseils nutritionnels à l'individu, seraient d'informer la population sur les besoins nutritionnels, les besoins des producteurs, d'améliorer la qualité des nutriments. Cependant, les premiers résultats ne sont pas escomptés avant une quinzaine d'années. Cependant, la solution pour prévenir les maladies à court terme passerait par une meilleure éducation nutritionnelle, notamment à l'école.
