Le Japon est actuellement en train de réviser les recommandations visant à réglementer la production et l'utilisation des cellules souches embryonnaires humaines. Ces recommandations sont éditées et mises à jour par le Ministère de l'Education, du Sport, de la Culture, de la Science et la Technologie (MEXT). Les dernières recommandations sont entrées en vigueur en 2001: "The Guidelines for Derivation and Utilization of Human Embryonic Stem Cells" et "The Guidelines for Handling of a Specified Embryo". On peut trouver une traduction détaillée en anglais sur le site du MEXT. Ces directives sont actuellement en révision et une directive supplémentaire sur le don d'ovocytes est en préparation. Pour être autorisé à développer des lignées cellulaires, le laboratoire intéressé doit recueillir l'assentiment de son comité d'éthique local, puis celui du MEXT. A ce jour, la seule équipe au Japon autorisée à travailler dans ce domaine est celle du professeur Norio NAKATSUJI, de l'Institut "Frontier Medical Sciences" de l'Université de Kyoto. L'Institut du Pr NAKATSUJI a déjà développé 3 lignées cellulaires. Le "National Center for Child Health and Development" (Tokyo) a demandé l'accord du MEXT pour produire et exploiter des lignées cellulaires embryonnaires humaines, après avoir reçu l'agrément de son comité d'éthique interne. L'"Institute of Medical Science", rattaché à l'Université de Tokyo envisage de demander l'autorisation, mais est encore au stade préliminaire du processus.
L'avenir de cette recherche est suspendu à la publication prochaine par le MEXT des recommandations révisées. Le MEXT a organisé une tournée pour faire connaître le sujet aux citoyens japonais et pour recueillir leurs avis sur la question. Le résumé de ces discussions n'est pas encore connu. Les chercheurs souhaiteraient eux la création d'une banque de cellules souches embryonnaires, ce qui leur permettrait de déposer les lignées et les faire distribuer au Japon et a l'étranger. Mais certains sont pessimistes quant à l'évolution de la recherche au Japon sur le clonage thérapeutique et les cellules embryonnaires humaines. A titre d'exemple, le Pr NAKATSUJI a annoncé dans la presse qu'il n'envisageait pas de commencer de nouvelles recherches dans ce domaine, car les nouvelles directives concernant le transfert somatique nucléaire et le don d'ovocytes seront tellement strictes qu'elles limiteront très fortement les possibilités de recherche. Il pense qu'il vaudrait mieux développer les thérapeutiques immunosuppressives pour éviter ou diminuer les réactions de rejet ou développer des méthodes visant à augmenter la tolérance des patients à des cellules souches embryonnaires spécifiques.