La grotte de Krizanska jama est surtout connue pour ses lacs souterrains. Retenus par les barrières de concrétions calcaires, ils apposent au site son cachet si particulier. La grotte de Krizna Jama est unique : on compte peu de grottes où le cours d'eau souterrain dépose la calcite sous forme de concrétion en forme de barrières. Le centre de recherche de l'Académie des Sciences et des Arts a effectué des travaux de recherche pour établir les raisons de l'apparence actuelle de la grotte et de sa sensibilité aux influences de son environnement.
On peut vraisemblablement situer le moment où les barrières de concrétion ont commencé à croître au début de l'holocène. Dans les années 90, le dr. Andrej Mihevc de l'Institut de Recherche du Karst a pour la première fois mesuré à l'aide de la méthode micrométrique la croissance de concrétion calcaire des barrières. Sur une période de 13 ans, elle a été en moyenne de 0,1 mm par an, soit 1,2 m en 12.000 ans. Dans la partie touristique de la grotte, il faut franchir près de 22 fois, à pied, les barrières de concrétion pour porter les canots. Ce qui leur est nuisible.
Des recherches bien plus détaillées ont été menées après février 2006, à l'aide de la méthode des plaquettes calcaires qui permet d'effectuer des mesures à 0,0001 mm près. Ces mesures étaient espacées de 15 jours. Cela a permis d'avoir une vue sur les oscillations que connaît l'accroissement annuel mais également de décortiquer les raisons principales de l'origine de la croissance des barrières de concrétion. Il s'est avéré que cette dernière était limitée aux jours de froid les plus extrêmes. En d'autres circonstances climatiques, elle n'avait pas du tout lieu. Les croissances les plus faibles ont atteint un record en 2006 et 2007 (0,0005 mm).
Si la grotte dispose de 2 entrées au moins, la différence de températures interne et externe sera à l'origine d'un courant d'air. Plus la différence de température est importante et plus ce courant est intense. Comme la concentration en C02 de l'air est plus importante à l'intérieur qu'à l'extérieur, le courant d'air traversant la grotte de part en part diminue sensiblement la part de C02 dans l'air. Mais comme à travers les interstices des galeries souterraines parvient régulièrement un air riche en carbone, les facultés d'aération du courant d'air faiblissent à mesure que l'on s'éloigne de l'entrée de la grotte. Or la sécrétion ou la concrétion calcaire est justement liée à la concentration en CO2 de l'air. Une plus grande concentration en CO2 entraîne une diminution de la sécrétion de calcite. Compte tenu de la température constante de la grotte qui s'élève à 8°C, on peut s'attendre à une croissance de la barrière de concrétion uniquement durant les mois d'hiver. Malheureusement, elle ne peut se produire que durant les jours où la température externe maximale ne dépasse pas -4°C. Si cette dernière descend à un ou deux degrés en dessous de zéro, le courant d'air ne sera pas suffisamment fort pour diminuer la concentration de CO2 de l'air en contact avec l'eau à quelques 300 m de l'entrée de la grotte. Un seul jour à -4°C a été enregistré durant l'hiver inhabituellement chaud de 2006/2007, d'où la faible croissance de la barrière. Les barrières les plus éloignées des entrées sont les plus exposées aux changements climatiques et les plus en danger quant à leur exploitation touristique.
La capacité autonettoyante du souterrain karstique est extrêmement mauvaise. L'eau polluée ne peut être filtrée qu'à travers le réseau d'interstices et à l'endroit où les polluants peuvent se lier aux petites particules comme l'argile. Les organismes capables d'extirper les polluants de l'eau sont relativement peu nombreux. Le versement régulier de polluants dans le monde souterrain finit également par limiter sa capacité nettoyante, les zones à capacité filtrante étant détériorées par l'usage. C'est ainsi que la concentration en éléments indésirables augmente dans les sources situées en profondeur.
Un autre facteur exerçant une pression négative, et à première vue illogique, sur l'eau souterraine est, depuis la dernière décennie, le fonctionnement de certaines stations d'épuration dans le Karst. Certaines d'entre elles n'épurent que partiellement l'eau ou pas du tout lorsqu'elles sont en arrêt. Le versement des eaux (partiellement) usées dans le souterrain karstique est très tentant : on ne voit ni ne sent les eaux rejetées, leur nettoyage à travers le sol karstique est pourtant faible. Ainsi l'eau polluée finit par réapparaître dans les sources les plus profondes ou dans les grottes souterraines.
Un exemple inquiétant est celui de la construction de la station d'épuration de Fara na Blokah qui ne nettoie l'eau qu'en cycles primaire et secondaire. La station d'épuration rejette directement les eaux usées dans l'aven de Fara, qui alimente en eau la grotte de Krizna Jama et celle récemment découverte, fermée, qui fait partie de son réseau plus bas. On peut imaginer sans mal, mais non sans crainte, quelles conséquences les eaux partiellement épurées auront sur la biodiversité et la croissance des barrières de concrétion.
On sait également que certains éléments dans l'eau diminuent la sécrétion de calcite. Un des exemples les plus observés s'illustre par les produits anti-calcaires que l'on ajoute régulièrement dans les machines à laver et les lave-vaisselles. Il en va de même, mais dans des proportions moindres, pour les carbonates, phosphates et nitrates organiques dissous. Il n'en existe qu'en quantité négligeable dans l'eau propre, en revanche les eaux provenant des stations sans épuration tertiaire en contiennent beaucoup. Les analyses chimiques faites par l'Institut de Recherche du Karst indiquent que la concentration en phosphates et nitrates est jusqu'à présent située en-dessous du seuil de détection ou légèrement au-dessus. Si la concentration en carbone organique dissous venait à dépasser les 10 mg/l, il se produirait vraisemblablement la même chose que pour la rivière Korana au-dessus des lacs de Plitvice, où, sous la ville de Sunj, l'eau a cessé de secréter du calcite.
Les conséquences du réchauffement passé du climat ont été en partie jugulées par l'agrandissement artificiel de l'entrée principale de la grotte permettant ainsi une pénétration plus importante et plus profonde de l'air froid dans la grotte, et par conséquent une croissance plus intense de la barrière de concrétion. Plus inquiétant pour l'avenir de la grotte sont les conséquences de la pollution de l'eau, à l'encontre de laquelle on pourrait pourtant faire bien des choses.
