Les recherches sur la faune des nappes phréatiques ont commencé en Slovénie au début du 20ème siècle, lorsque plusieurs auteurs ont produit des études sur les alluvions de la Save. Le professeur Boris Sket est l'auteur qui a le plus contribué à ce sujet en concentrant ses recherches sur les espèces souterraines de crustacés, d'écrevisses isopodes, etc.
Dans le cadre du projet européen PASCALIS (Protocols for the ASsesment and Conversation of Aquatic LIfe of Subsurface), l'Institut National de Biologie slovène (NIB) avait commencé à orienter ses recherches vers la faune et la situation écologique des aquifères. Le projet lui-même s'est déroulé durant la période 2002-2004, dans la région basse de la rivière Ljubljanica. L'objectif final était de développer une méthode standardisée d'évaluation et de conservation de la faune des eaux souterraines.
Aujourd'hui, les recherches se concentrent sur l'influence des perturbations anthropiques, notamment sur les conséquences de l'enlèvement des alluvions des grèves fluviales de cette zone sensible. Les premières recherches de ce type ont été effectuées sur la rivière Baca, un affluent de la rivière Soèa, de type torrentiel caractéristique de la région alpine. Des recherches ont également été menées sur la rivière de la Save, sur la zone de plaine de Ljubljana, où se déroule le projet interdisciplinaire "Interdépendance entre biodiversité et conditions hydrogéologiques dans la zone d'alimentation fluviale de l'aquifère". Le projet est mis en oeuvre par les chercheurs du NIB et l'Institut de Géologie. L'accent est mis sur la dynamique hydrologique de l'alimentation de l'aquifère, et sur les processus écologiques qui l'accompagnent.
Les résultats obtenus jusqu'à présent à partir des recherches effectuées sur les roches meubles (cailloux, alluvions) en Slovénie ont montré que la faune fluviale est, en termes d'espèces, une des plus riches au monde. Nombres d'entre elles, notamment les espèces d'écrevisses, ne vivent que dans la zone d'un bassin versant donné. A titre d'exemple, certaines espèces d'écrevisses trouvées dans le bassin versant de la rivière Ljubljanica n'ont pas été observées dans le bassin de la rivière Soca, qui connaît une toute autre histoire géologique. Il est intéressant de voir que dans la rivière Baca également, qui ne présente pas de dépôts fluviatiles aussi importants que les affluents de la Ljubljanica (Iska, Borovniscica), des espèces souterraines particulières ont été découvertes. On pense qu'elles proviennent de l'arrière-pays karstique des Alpes Juliennes, où elles vivent dans les fissures profondes du Karst supérieur alpin.
Outre leur position géographique, les conditions environnementales locales peuvent également déterminer la composition et la quantité de la faune dans les roches meubles, à savoir la perméabilité des sédiments, la température, la quantité de substances nutritives et de matériaux organiques. Dans la zone hyporhéique de la rivière Polipscice, qui, comparée aux autres rivières étudiées, est assez polluée par les activités agricoles, très peu d'espèces souterraines ont été trouvées, la majorité étant des "vers" (vers de terre, oligochètes) qui se développent particulièrement bien dans un environnement riche en aliments et pauvre en oxygène. Dans les deux autres affluents de la Ljubljanica, Iska et Zelimljescica, les crustacés inférieurs ont dominé en nombre, la part d'espèces souterraines étant plus importante. Dans les dépôts fluviatiles de la rivière Baca, qui sont pauvres en nourriture et chargés d'oxygène, ce sont les stades larvaires précoces qui prédominent. La quantité d'espèces souterraines est là aussi faible, mais pour d'autres raisons. La grande fluctuation du niveau de l'eau, le brassage fréquent des couches supérieures des roches meubles, et la faible taille des dépôts n'offrent pas un environnement assez stable pour ces espèces sensibles. 4 nouvelles espèces de crustacés ont été récemment découvertes dans le piézomètre planté à 92 m de profondeur dans les alluvions de la Save.
