La production aquacole de thon rouge du sud (Thunnus maccoyii) se limite à l'engraissement en captivité d'individus capturés. Le thon rouge vit, en milieu naturel, dans des conditions physico-chimiques variées, s'adaptant parfaitement à des températures, salinité, intensité de la lumière, et pression hysostasique variées. Il est cependant très sensible au stress occasionné par des variations brutales de conditions environnementales lorsqu'il est élevé en cage, et ne tolère pas les manipulations. Si la reproduction du thon rouge en captivité du thon a été observée, il n'est cependant pas possible de contrôler le phénomène.
La société australienne Clean Seas Tuna a annoncé qu'elle a réussi à produire des thons à partir d'oeufs et de sperme libérés par des thons captifs. Cinq larves actives ont éclos et poursuivent leur développement. Le contrôle du cycle biologique du thon rouge est un grand pas vers sa domestication et la production commerciale de cette espèce menacée (Liste rouge de l'Union mondiale pour la nature - UICN).
On ne connaît qu'une seule zone de reproduction des thons rouges du sud sauvages qui est située dans l'océan Indien, au sud-est de Java. Depuis 1990, l'Australie est autorisée à pécher 5.200 tonnes de thons rouges par an.
