Dans toutes les zones productrices du monde, les cacaoyers doivent faire face à des maladies et des ravageurs pouvant anéantir des récoltes entières. Pour protéger leurs cultures, les planteurs utilisent souvent des produits chimiques coûteux et polluants ou des techniques manuelles contraignantes. Pendant ces 15 dernières années, l'industrie mondiale du cacao a été confrontée à de nombreuses maladies fongiques dévastatrices qui ont coûté près de 700 millions de dollars de pertes annuelles pour les agriculteurs. Des scientifiques de la recherche agronomique (ARS) du centre de recherches horticole subtropical (SHRS) de Miami en Floride se sont penché sur le problème et ont développé des plants de cacao (Theobroma cacao) résistants à ces maladies qui sont principalement le balai de sorcières et la pourriture brune :
- La pourriture brune, est une maladie causée par plusieurs champignons du genre Phytophthora (par exemple P. palmivora, P. megakarya, P. capsici). Ceux-ci s'attaquent à divers organes du cacaoyer, en particulier les cabosses, en y développant des taches brunes qui recouvrent peu à peu la surface, puis gagnent l'intérieur du fruit. La technique la plus répandue pour lutter contre cette maladie consiste encore à utiliser des produits chimiques (polluants) que peu de cultivateurs de cacaoyers ont les moyens de se procurer.
- Le balai de sorcière est une maladie originaire du continent américain, également causée par un champignon : le Moniliophthora perniciosa (anciennement Crinipellis perniciosa). Celui-ci s'attaque non seulement aux cabosses, mais également aux coussinets floraux et aux bourgeons. Le cacaoyer ne produit plus de vraies cabosses mais des "chirimoyas", et ses rameaux se multiplient anarchiquement, finissant par ressembler à des balais de sorcière.
Les scientifiques ont d'abord cherché les gènes de tolérance à ces maladies déjà présents chez certains cacaoyers. Pour les détecter, ils ont utilisé des marqueurs (ADN) moléculaires pour ces gènes liés à la résistance de la maladie. Les essais pratiques on fait participer des coopérateurs étrangers, en Amérique du Sud, en Afrique de l'ouest, en Amérique Centrale et en Papouasie-Nouvelle Guinée. L'objectif est de trouver les cacaoyers les plus résistants à ces maladies,
Depuis 1999, les chercheurs de l'ARS au SHRS de Miami mènent cette étude sous la direction du généticien Ray Schnell, et en association avec la compagnie Mars qui est un des plus grands fabricants de produits chocolatés au monde. Cette recherche, en collaboration avec des instituts en Amériques du sud et en Afrique, a déjà abouti à la création de cartes génétiques des différentes espèces de cacao. Récemment pour mener à bien cette étude, une nouvelle association a été annoncée, il s'agit de celle entre l'ARS, l'entreprise Mars, et IBM. Cette nouvelle équipe à pour but d'ordonnancer le génome entier de cacao. Une fois qu'accomplis, les résultats de la recherche seront annoncés au grand public. L'association pour ordonnancer le génome de cacao est financièrement soutenue et coordonnée par la compagnie Mars. L'appui scientifique est fourni par le SHRS à Miami, en collaboration avec des scientifiques du centre de recherches de Thomas J. Watson de la société IBM à New York. C'est la première fois que chacun des trois groupes de recherche collaborent.
En plus des ces trois associés principaux, l'université de Washington assistera le professeur Schnell pour le développement des cartes génétiques détaillées et pour l'assemblage des fragments de séquence pour la création du génome complet.
