Les théories de migration de l'Homme dans les îles du sud-est asiatique couvrant les Philippines, l'Indonésie et la Malaisie sont aujourd'hui mises en question suite aux recherches archéogénétiques effectuées par des scientifiques anglais, taiwanais et australiens.
La théorie principale suggérait que les populations actuelles de ces îles y sont arrivées lors de la période néolithique il y a 4.000 ans depuis Taiwan avec l'apparition de l'agriculture. Les nouvelles recherches ont consisté en l'étude du séquençage de l'ADN mitochondrial de ces populations et ont donc suivi la lignée matrilinéaire. L'étude de l'haplogroupe E de cet ADN, un groupe d'allèles situés à des sites spécifiques dans un chromosome et caractéristique des populations de l'Asie du sud-est, montre qu'il a évolué in situ pendant 35.000 ans pour ensuite s'étendre à travers les îles au début du holocène il y a environ 10.000 ans lorsque le niveau de la mer ne recouvrait pas encore le plateau continental de Sunda (Asie du sud-est, les Philippines, Indonésie et Malaisie).
Les populations se seraient alors déplacées à cette époque pour atteindre Taiwan et l'Océanie à cause du réchauffement climatique et de la montée des eaux à la fin de la dernière période glaciaire.
