C'est dans un souci de préservation de la santé des consommateurs que l'INRA a décidé de mettre en place ce pôle qui couvrira l'ensemble des domaines, de la cellule microbienne aux procédés biologiques d'élaboration des aliments et à la flore du tube digestif de l'homme. Localisé dans le sud de l'Ile-de-France, qui compte d'indéniables atouts pour la réussite d'un tel pôle avec les centres INRA de Versailles-Grignon et Jouy-en-Josas, MICALIS va venir s'intégrer dans le paysage francilien de la recherche en microbiologie de la chaîne alimentaire de l'homme, en synergie avec les laboratoires de l'Afssa et de l'ENVA (Maison-Alfort), et en complément des pôles de microbiologie fondamental (Plateau de Saclay et Montagne Ste Geneviève) et du pôle parisien orienté sur les microorganismes responsables de maladies infectieuses chez l'homme (Institut Pasteur - Cochin - Necker).
Avec douze unités de recherche propres ou associées à un établissement d'enseignement supérieur ou un autre organisme de recherche, MICALIS regroupe environ 110 chercheurs, ingénieurs et enseignants chercheurs. Précisons qu'entre 2001 et 2004, les microbiologistes de ces unités ont publié près de 500 articles scientifiques dans les meilleures revues internationales. Au cours de la même période, ils ont déposé 23 brevets en vigueur fin 2004, dont 6 entre 2001 et 2004, et 14 ayant fait l'objet de contrats de licences.
Ajoutons à cela que MICALIS dispose de ressources biologiques originales. Ainsi le centre INRA de Jouy-en-Josas héberge une des rares animaleries au monde qui permette d'élever des rongeurs en l'absence de toute contamination par des bactéries environnementales, ou colonisés par une flore définie. D'où la possibilité de suivre l'évolution dans le temps des microorganismes ingérés par ces animaux et d'en évaluer les effets sur leur physiologie. De plus, l'INRA entretient quatre collections de microorganismes indispensables à la poursuite des recherches en microbiologie des aliments (ferments lactiques, flores d'affinage, microorganismes à risque pour l'alimentation humaine...). Enfin, l'INRA possède une collection de bactéries intestinales ainsi qu'une banque métagénomique de flores intestinales humaines.
L'enjeu des recherches qui vont être développées au sein de ce pôle est de contribuer à l'amélioration de l'alimentation et à la préservation de la santé de l'homme. Aussi s'agira-t-il notamment d'identifier des microorganismes présentant des propriétés bénéfiques pour la santé humaine et caractériser leurs interactions avec l'homme et avec la flore présente dans l'intestin humain dans une optique de nutrition préventive et de connaissance intégrée de la physiologie de la nutrition de l'homme. Ces recherches visent également à prévenir le risque microbiologique dans les aliments par l'identification des marqueurs de la virulence, la compréhension de l'émergence de la pathogénie et la connaissance des modes de persistance des microorganismes dangereux durant les procédés de fabrication et de distribution des aliments.
