Dans les années 90, les cacaoyers bahianais ont été victimes d'un champignon, appelé Moniliophthora (Crinipellis) perniciosa, et qui cause la maladie dite "balai de sorcière". Cette violente épidémie avait en partie causé la crise du cacao dans l'Etat de Bahia, réduisant considérablement la production de cacao, et, par conséquent, les exportations de cacao du Brésil. Cette crise a eu des répercussions économiques et sociales très importantes dans la région.
Contrairement au cacao produit en Afrique, le cacaoyer du Brésil est cultivé dans un système d'agro-foresterie appelé "cabruca". La "cabruca" est une plantation de cacaoyers, au-dessus de laquelle se dressent les arbres de la forêt atlantique originellement présente. L'étage inférieur de végétation a donc été supprimé pour laisser place aux cacaoyers. Ceux-ci poussent particulièrement bien à l'ombre, protégé des intempéries par les arbres de l'étage supérieur. La "cabruca" n'est donc pas une forêt vierge, mais elle représente un écosystème qui a son importance dans la région de Bahia. Elle fournit un habitat à des espèces végétales et animales rares. Cependant, cette forêt de cacaoyer est menacée parce qu'elle se régénère difficilement. De plus, pendant la crise du cacao, de nombreux hectares de "cabruca" ont été réduits à néant et convertis à d'autres usages.
Aujourd'hui, le cacao de la région de Bahia revient sur les marchés, avec la promesse de générer des exportations, de développer l'écotourisme, et d'aider à la préservation de la forêt atlantique. Un exemple réussi de relance de l'activité cacaoyère à Bahia se situe dans la fazenda Porto Novo, de laquelle le généticien Gonçalo Pereira de l'Unicamp (Université d'Etat de Campinas) a été partenaire. Pereira est lié à la région de Bahia depuis qu'il a commencé à étudier les mécanismes génétiques impliqués dans la maladie du "balai de sorcière".
Les travaux de Pereira ont contribué à l'obtention, après plusieurs greffes et en utilisant un fertilisant spécifique, de pieds de cacao plus résistants et dont la floraison est induite avant le début du cycle de développement du champignon. La Ceplac (Commission exécutive du plan de labeur cacaoyer) a pour vocation d'accompagner ce bouleversement de la cacaoculture régionale, et ce, grâce à un programme d'amélioration génétique conduit à la fois sur le dispositif de la Ceplac et dans les fazendas.
Depuis 2005, la fazenda Porto Novo est de nouveau capable d'exporter le cacao. "Nous sommes le plus grand exportateur du pays" dit Raphael Hercelin à la Folha de São Paulo, un parisien qui administre aujourd'hui 870 hectares de la fazenda. Mais la particularité de la culture du cacao dans l'Etat de Bahia est bien la "cabruca", qui, en plus d'offrir de l'ombre aux cacaoyers, favorise la biodiversité. Certains producteurs souhaiteraient même voir la "cabruca" obtenir le statut de réserve pour pouvoir la préserver et l'étendre.
Des travaux de biologie moléculaire ont été entrepris par des centres de recherche et des universités, comme le Cepec (Centre de recherche du cacao) et l'Uesc (Université d'Etat de Santa Cruz). D'autres travaux, visant à mieux connaître le pathogène, sont également effectués, comme le projet national de séquençage du génome de Moniliophthora, par le consortium Unicamp, Uesc, Uefs, Cepec, Cenargen (Centre national de recherche en ressources génétiques et biotechnologie). Les compétences se trouvent donc réparties entre ces différentes institutions. Le Cirad au Brésil est associé aux recherches dans ces deux domaines par deux accords de partenariats, avec l'Uesc et la Ceplac.
