En septembre 2008, des chercheurs de l'équipe Swiss-prot de l'Institut suisse de Bioinformatique (ISB) ont présenté le catalogue le plus complet de toutes les protéines humaines connues aujourd'hui (au nombre de 20 325), nommé Human Protein Initiative (HPI). Les protéines sont codées par les gènes. La plupart de ces derniers sont aujourd'hui identifiés, mais tous n'ont pas été étudiés. Des protéines restent donc encore à découvrir.
Le groupe de recherche Swiss-prot propose d'autres services à la communauté scientifique, parmi lesquels la mise à disposition d'une base de données régulièrement actualisée. Elle regroupe des fiches sur toutes les protéines connues à ce jour, soit 390.000, appartenant à 11.000 espèces. Chaque fiche répertorie la séquence en acides aminés de la protéine, sa fonction, les maladies qui lui sont éventuellement associées, la liste des autres protéines avec lesquelles elle est susceptible d'interagir, etc.
Le rôle de l'ISB est de coordonner la recherche et la formation dans le domaine de la bioinformatique à l'échelle nationale. Il a fêté ses dix ans en mars 2008. Il réunit 22 groupes de recherche et de services, étudiant des thèmes tels que la génomique, la biologie, la protéomique, la phylogénétique, etc. Issus des Universités et des deux Ecoles polytechniques fédérales de Suisse, ils sont répartis dans les villes de Bâle, Berne, Genève, Lausanne et Zurich. Le groupe Swiss-prot à Genève est le plus important d'entre eux.
