Regroupant une grande diversité d'organsismes, environ 36.000 à ce jour, certains microscopiques, d'autres visibles à l'oeil nu, le zooplancton joue un rôle clé dans le milieu aquatique. Il est en effet le maillon de la chaîne alimentaire qui fait le lien entre le monde végétal et le monde animal. Un grand nombre d'espèces de zooplancton ont une durée relativement courte et un taux de croissance important. Aussi les changements détectables dans l'abondance ou la composition de ces espèces peuvent-ils refléter des perturbations fondamentales de leur environnement. Ces modifications fournissent également des indications précieuses à propos des conditions alimentaires des poissons. D'où l'intérêt d'observer les communautés planctoniques.
Inauguré le 7 mai dernier, le Pôle de Taxonomie et Ecologie du Zooplancton, que dirige Elvire Antajan, au sein du Centre Ifremer Manche-Mer du Nord, s'organise autour de deux axes de recherche : d'une part, la diversité et la structuration spatiale de la communauté zooplanctonique en relation avec l'environnement trophique et écologique sous l'influence des facteurs climatiques, hydrologiques et anthropiques, d'autre part le développement, la maîtrise et l'application d'outils permettant l'identification d'organismes planctoniques de façon automatisée et/ou semi-automatisée via l'acquistion et l'analyse d'images. Sur la façade Manche, ce pôle assure le suivi des communautés planctoniques et la surveillance écologique du milieu. Par ailleurs, il recence les événements tel que l'introduction d'espèces "exotiques" dans les ports, via les eaux de ballast.
Actuellement, ce pôle participe au projet européen CHARM (approche intégrée pour la gestion des ressources marines en Manche). Ainsi il propose, en collaboration avec des partenaires anglais, une cartographie des principales espèces zooplantoniques et ichtyoplanctoniques (oeufs et larves de poisson) en Manche. Précisons que ce centre vient de s'équiper de deux exemplaires de ZooScan. Cet outil permet une meilleure exploitation des échantillons, réduit le temps d'analyse et offre une meilleure résolution spatio-temporelle des modèles. Il asssure aussi la sauvegarde numérique des collections, ce qui facilite les échanges d'expertise taxonomique.