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Biotechnologie
Une nouvelle manière de séquencer les génomes plus vite et à moindre coût (publication)

http://www.bulletins-electroniques.com/actualites/60612.htm

Une équipe de chercheurs de l'Université de Colombie Britannique (UBC), ainsi que de l'Agence du Cancer de Colombie Britannique (BCCA) a développé une nouvelle méthode pour le séquençage de génomes eucaryotes. Cette technique, présentée dans la dernière édition de Genome Biology, permet d'intégrer rapidement des informations de séquences issues de différentes sources de séquenceurs à un coût moindre qu'avec les méthodes utilisées jusqu'à présent.

Pour en démonter l'efficacité, l'équipe de chercheurs qui regroupe entre autres Steven Jones (BCCA), Joerg Bollmann (UBC), Colette Breuil (UBC) et Richard Hamelin (UBC) a compilé la première séquence complète d'un champignon ascomycète : Grosmannia clavigera. En permettant l'identification rapide et à un coût abordable des gènes et protéines de ce champignon, cette étude devrait rendre possible le développement de nouveaux moyens de lutte contre l'épidémie qui dévaste actuellement les forêts de Colombie Britannique (10 à 14 millions d'hectares sont d'ores et déjà infectés) et qui est propagée par l'insecte ravageur le dendoctrone du pin vecteur de ce champignon.

Mais comme le souligne le Dr Steven Jones, directeur du centre de bio-informatique du BCCA, ces travaux ont des implications beaucoup plus larges. Les outils informatiques et génétiques développés peuvent être également appliqués au séquençage de génomes humains et sont déjà utilisés pour le décodage de tumeurs cancéreuses.

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- Steve Jones, directeur du programme bioinformatique de l'Agence du Cancer de Colombie Britannique - Email : steven_jones@sfu.ca, sjones@bcgsc.ca
- Carol Thorbes, Public Affairs and Media Relations SFU - Email : cthorbes@sfu.ca

Code brève
ADIT : 60612

- De novo genome sequence assembly of a filamentous fungus using Sanger, 454 and Illumina sequence data, S. DiGuistini , N. Y. Liao , D. Platt , G. Robertson , M. Seidel , S. K. Chan , T. R. Docking , I. Birol, R. A. Holt , M. Hirst , E. Mardis , M. A. Marra , R. C. Hamelin , J. Bohlmann , C. Breuil et S. J. M. Jones , Genome Biology , 10, R94, (2009), doi:10.1186/gb-2009-10-9-r94 - http://genomebiology.com/2009/10/9/R94
- Genome sequencing furthers pine beetle and cancer research - http://redirectix.bulletins-electroniques.com/TONZy

Danielle Ziebelin, danielle.ziebelin@diplomatie.gouv.fr

BE Canada numéro 357 (25/09/2009) - Ambassade de France au Canada / ADIT - http://www.bulletins-electroniques.com/actualites/60612.htm