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Sciences marines et atmosphériques
Détermination de la stratégie trophique des bactéries à partir de leurs génomes

http://www.bulletins-electroniques.com/actualites/61067.htm

De nombreuses espèces de bactéries marines colonisent préférentiellement les eaux contenant des concentrations élevées en nutriments (copiotrophiques) alors que d'autres préfèrent les eaux pauvres en nutriments (oligotrophes). Des biologistes australiens de l'Université de Nouvelle-Galles du Sud, américains et turcs ont montré que la stratégie trophique des bactéries marines peut être déterminée à partir de leurs génomes.

L'étude a comparé le génome d'une bactérie copiotrophe Photobacterium angustum S14 à celui de la bactérie oligotrophe, Sphingopyxis alaskensis RB225. Ces bactéries sont des modèles des deux classes principales de bactéries marines hétérotrophes et il existe de nombreuses données relatives à leur physiologie. P. angustum S14 a été prélevée dans les eaux de surface de Botany Baie à Sydney; S. alaskensis RB225 a été échantillonnée dans les eaux de surface (10 m) de la baie Resurrection en Alaska et dans la mer du Nord, et une souche proche de cette dernière, AF01, a été isolée à partir d'échantillons d'eaux profondes océaniques (350 m), au large du Japon.

La comparaison a révélé des différences génétiques qui reflètent les styles de vie différents de deux espèces. Par exemple, les copiotrophes possèdent de nombreuses protéines de transport sélectives leur permettant d'absorber rapidement les nutriments. Par contre, chez les oligotrophes, les protéines de transport sont moins abondantes et moins spécifiques afin d'optimiser l'extraction des nutriments de l'environnement. Un modèle capable de prédire la stratégie trophique des bactéries marines et de caractériser leur environnement a ensuite été développé.

L'analyse génétique de 124 autres bactéries marines à l'aide du nouveau modèle indique que les oligotrophes sont de loin les bactéries les plus répandues dans les océans.

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ADIT : 61067

- University of New South Wales http://www.unsw.edu.au/
- Proceedings of the National Academy of Sciences, 2009, Vol. 106, N° 37, pp. 15527-15533
10.1073/pnas.0903507106

Maïté Le Gleuher

BE Australie numéro 66 (3/11/2009) - Ambassade de France en Australie / ADIT - http://www.bulletins-electroniques.com/actualites/61067.htm