Depuis 2001, il existe en Allemagne une alternative à passer l'habilitation au titre de professeur d'université : devenir "professeur junior". Le texte de loi fédéral impose une durée maximale de six ans pour la durée d'un contrat de professeur junior. Les professeurs juniors peuvent ensuite postuler pour une chaire classique à l'université. Dans les universités de Berlin, cette période est de cinq ans seulement. La création d'un poste de professeur junior impose trois étapes d'évaluation obligatoires : lors de la candidature, à mi-contrat et enfin juste avant la remise du titre de professeur.
Les défenseurs du système de "professeur junior" avancent les arguments suivants : le professeur junior bénéficie dès le départ de responsabilités ; il peut former une équipe de recherche et apprend ainsi à gérer un groupe de collaborateurs, un budget et à déléguer le travail ; il bénéficie aussi d'une grande autonomie. Il est dispensé du travail d'habilitation. Le but premier de l'initiatrice du projet, Edelgard Buhlmann (SPD), Ministre de l'éducation jusqu'en 2005, était de rajeunir le corps professoral et d'en faciliter l'accès.
Ce système rencontre un succès seulement pour certains domaines comme les sciences naturelles et la médecine (50% des professeurs juniors), les sciences sociales, économiques, culturels, les langues et le droit (20%), mais pas pour les sciences de l'ingénieur (9%). Il est aussi plébiscité par les femmes qui représentent 28% de l'ensemble des professeurs juniors. Les responsabilités qui incombent au poste de professeur junior (gestion d'une équipe, enseignement au sein de l'université) laissent peu de temps pour la recherche fondamentale. Dans le domaine scientifique, le système classique de l'assistant scientifique est préféré. Il laisse plus de temps pour mener des recherches et préparer l'habilitation au titre de professeur.
La loi prévoyait la création d'ici 2010 de 6000 postes. Or, seulement 15% de ce nombre sont actuellement créés.