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Génétique
Des scientifiques péruviens déchiffrent le code génétique de la pomme de terre

http://www.bulletins-electroniques.com/actualites/61562.htm

Le Groupe International de scientifiques regroupant l'Université Péruvienne Cayetano Heredia (UPCH), l'Institut National d'Innovation Agraire (INIA) et l'Université Nationale Cristóbal de Huamanga (UNSCH) est parvenu à déchiffrer la première version de la séquence du génome de la pomme de terre. Le Consortium de Séquençage du Génome de la Pomme de Terre (PGSC), qui a commencé à travailler sur ce projet il y a 3 ans, est piloté au Pérou par l'Unité de Génomique de l'Université Péruvienne Cayetano Heredia (UPCH). La décodification de la séquence complète du génome de cette plante permettra de comprendre le fonctionnement de la pomme de terre et pourrait révolutionner tant les programmes d'amélioration génétique que la manière d'exploiter et d'utiliser la biodiversité du Pérou.

La Pomme de terre, membre de la famille des Solanaceas, est proche parente de la tomate, du poivron, de l'aubergine, de l'aji et du rocoto (deux piments du Pérou) et occupe la troisième place des cultures du monde. L'accès à la séquence du génome de la pomme de terre aidera les scientifiques à l'amélioration du rendement, de la qualité, de la valeur nutritionnelle, ainsi qu'à la résistance de celle-ci aux maladies et épidémies des nouvelles variétés. De plus, la séquence du génome de ce tubercule permettra de réduire la dizaine d'années actuellement nécessaire à l'obtention de nouvelles variétés.

Le Consortium de Séquençage a débuté ses activités en janvier 2006 à l'initiative du Département d'Amélioration de l'Université de Wageningen en Hollande. Font actuellement parties du Consortium : l'Argentine, le Brésil, la Chine, le Chili, les Etats-Unis, l'Inde, l'Irlande, la Nouvelle-Zélande, le Pérou, la Pologne, le Royaume-Uni et la Russie.

Gisella Orjeda, Directrice de l'Unité de Génomique de l'UPCH, représente le Pérou au PGSC au nom du Ministère. Cette université travaille depuis 3 ans sur le projet et a participé à tous ses aspects depuis le démarrage du consortium international. Elle travaille en étroite collaboration avec l'INIA et l'UNSCH pour séquencer l'ADN, créer une carte génétique, étudier les secteurs des chromosomes communs entre la pomme de terre et la tomate ainsi que pour rechercher des gènes contre les maladies de la pomme de terre au Pérou.

Le génome de la pomme de terre comprend 12 chromosomes possédant 840 millions de paires de base, soit le quart environ de la taille du génome humain. Au début du projet, le PGSC a employé une stratégie de division du travail entre les différents membres, en se répartissant les chromosomes (ou partie de ceux-ci) et le travail a été effectué selon une ligne diploïde RH89-039-16 (RH) développée à partir de la pomme de terre cultivée Solanum tuberosum. Cependant, l'avancée des nouvelles technologies de séquençage (NGS), réalisée ces deux dernières années, a conduit à un changement dans la stratégie du PGSC. Le séquençage d'un génotype généré spécialement, possédant une version simple du génome (diploïde homocigota) appelé DM1-3 516R44 (DM), a ainsi commencé en 2008. En juin 2009, les membres du PGSC se sont réunis à Carlow, en Irlande, afin de planifier les phases finales du projet.

Le PGSC termine actuellement le traitement des données de séquence, tant pour RH que pour DM, avec pour objectif final d'obtenir une séquence de haute qualité pour fin 2009 (un an avant la fin programmée initialement). La combinaison actuelle des données de 3 plateformes de séquençage différentes (qui incluent 2NGS) débouche sur une quantité d'informations de séquence qui représente 70 fois la longitude du génome (70X). Grâce au développement récent d'un programme informatique par l'Institut de Génomique de Pékin, membre du PGSC, l'assemblage généré recouvre 95% des gènes de la pomme de terre.

Il convient de souligner que le Pérou, l'Argentine, le Brésil et le Chili forment un sous-groupe ayant pour objectif supplémentaire de tirer parti de ce projet afin de fortifier les capacités en Génomique et Bioinformatique de la région. Pour ce faire, le Pérou est soutenu par le Ministère de l'Agriculture (MINAG), le Ministère des Relations Extérieures, le Conseil National de Science et Technologie (CONCYTEC), le Programme de Science et Technologie (FINCYT), l'Agence Péruvienne de Coopération Internationale (APCI), le Fond de Développement Socioéconomique de Camisea (FOCAM), l'Organisation des Etats Américains (OEA) au travers de son fond FEMCIDI ainsi que par des fonds régionaux provenant du Programme Coopératif pour le Développement Technologique Agricole du Cône Sud (PROCISUR).

Cette première version du génome assemblé est disponible au public et aux scientifiques sur http://www.potatogenome.net et sera actualisé dans 6 mois au fur et à mesure des données supplémentaires, incluant l'annotation des gènes, l'identification du transcriptome et l'analyse des gênes critiques à la production des pommes de terre.

Une liste complète des membres se trouve sur la page http://www.potatogenome.net.

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Gisella Orjeda, Chef de l'Unité Génomique/ Jefa Unidad de Genomica - Universidad Peruana Cayetano Heredia, Av. Honorio Delgado 430, San Martin de Porres, Lima, Peru - Email : gorjeda@upch.edu.pe - Tél : +51 1 319 00 00 ext 2701, portable: +51 1 997 58 29 24

Code brève
ADIT : 61562

Unité génomique de l'UPCH

SCAC

BE Pérou numéro 6 (14/12/2009) - Ambassade de France au Pérou / ADIT - http://www.bulletins-electroniques.com/actualites/61562.htm