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Génétique
Une remise en question de l'association "mutations-gènes-maladies"

http://www.bulletins-electroniques.com/actualites/62124.htm

Une étude internationale [1], à laquelle ont participé des chercheurs de l'Université Pablo de Olavide (Séville) [2] et du Centro Nacional de Investigaciones Cardiovasculares Carlos III (CNIC - Madrid) [3], remet en question certaines associations entre les mutations, les gènes et les maladies.

Les chercheurs se sont intéressés à trois régions génomiques non codantes présentant des SNP [4] associés au diabète de type II [5] et à l'obésité : la région HHEX-IDE qui relie les deux gènes de mêmes noms, ainsi que les introns des gènes CDKAL1 et FTO. Jusque-là, il était admis que les mutations des régions non codantes de l'ADN affectaient les gènes suivants les plus proches, c'est-à-dire pour les régions étudiées, IDE, CDKAL1, et FTO, respectivement. Grâce à des études de génomique comparative entre vertébrés et l'utilisation de techniques de bioinformatique, les scientifiques ont montré que les gènes affectés par les mutations n'étaient non pas IDE, CDKAL1 et FTO, mais en réalité SOX4, HHEX et IRX3, respectivement, c'est-à-dire des gènes plus éloignés. SOX4 et HHEX ont été récemment impliqués dans le développement du pancréas et la régulation de la sécrétion de l'insuline, mais pas IRX3. Cependant, il a été remarqué que le KO [6] de ce dernier chez le zebrafish [7] entraîne l'augmentation du nombre de cellules ? productrices d'insuline ainsi que de cellules ? productrices de glucagon, ce qui suggère un lien direct entre le gène IRX3 et les pathologies diabète de type II et obésité.

Ces résultats, au-delà des cas précis du diabète de type II et de l'obésité, remettent en question les associations entre mutations, gènes et maladies, en général. Selon les scientifiques, ce serait 5 à 10% de ces associations qui seraient erronées et qu'il faudrait revérifier. Miguel Manzanares [3], du CNIC, conclue que "ce type d'études est révélateur du peu que nous connaissons sur les mécanismes de fonctionnement global du génome et de sa grande importance à l'heure d'interpréter les résultats des associations génomiques à grande échelle avec des risques de maladies, comme par exemple les pathologies cardiovasculaires". L'ensemble des résultats de cette étude a donné lieu à une publication dans la dernière édition de PNAS.

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[1] L'étude a été réalisée par une équipe scientifique de 18 membres dont 10 norvégiens, 6 espagnols, 1 italien et 1 britannique.

[4] SNP : "Single Nucleotid Polymorphism", désignent des variations (ou polymorphisme) d'une seule paire de base du génome, entre individus d'une même espèce. Les SNP qui se trouvent dans des régions non codantes peuvent avoir des conséquences sur l'épissage, les facteurs de transcription, ou sur les séquences d'ARN non codant.

[5] Diabète de type II : appelé aussi diabète non insulinodépendant ou diabète de l'âge mûr. C'est une maladie métabolique qui touche la régulation de la glycémie (glycorégulation) et qui provoque à terme un diabète sucré.

[6] KO : knock-out génétique. C'est une technique d'invalidation d'un gène par sa destruction.

[7] zebrafish : Poisson-zèbre ou Danio. Il est couramment utilisé comme organisme-modèle en laboratoire de recherche.

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- [2] José Luis Gómez Skarmeta - Centro Andaluz de Biologia del Desarrollo / CSIC - Universidad Pablo de Olavide - Carretera de Utrera Km1 - 41013 Séville - Tél: +34 954 348 948 - Email: jlgomska@upo.es
- [3] Miguel Manzanares - Centro Nacional de Investigaciones Cardivasculares Carlos III / UAM - Melchor Fernández Almagro, 3 - 28029 Madrid - Tél: +34 914 531 311 - Email: mmanzanares@cnic.es

Code brève
ADIT : 62124

- "Long-range Gene Regulation links Genomic Type 2 Diabetes and Obesity risk regions to HHEX, SOX4 and IRX3." - Ragvin, Moro et al, PNAS, December 22, 2009.
- CSIC, 22/12/09

Anne-Laure Fize, Chargée de mission, service-scientifique@sst-bcn.com

BE Espagne numéro 90 (1/02/2010) - Ambassade de France en Espagne / ADIT - http://www.bulletins-electroniques.com/actualites/62124.htm