La nouvelle voie de formation doctorale allemande est en train d'être modifiée par la mise en application du processus de Bologne. Le nouveau système de promotion s'appuie sur les écoles doctorales (Doktorandenkolleg), également appelées centres d'études et de recherche de troisième cycle (Graduiertenschulen), dont le but est de remplacer la promotion doctorale universitaire. Dans le système classique, le doctorant assiste un professeur au sein d'un institut universitaire, ce qui ne sera plus le cas dans les écoles doctorales. Manfred Wittenstein, Président de la Fédération des constructeurs de machines et d'installations (VDMA), craint notamment que les futurs doctorants en ingénierie, les fameux Dr.-Ing., tant appréciés par l'industrie, ne perdent le contact avec les industriels. En effet, les travaux des doctorants sont menés en collaboration avec les acteurs de tous les secteurs, et ils apprennent ainsi les bases du management de projet. Le doctorat ne doit pas devenir scolaire mais rester axé sur la recherche et la pratique.
Ces écoles doctorales, inspirées des établissements américains, sont en revanche bien adaptées pour les autres domaines scientifiques, la politique et les sciences humaines et sociales. Le processus de Bologne a pour objectif d'harmoniser le paysage universitaire européen et de permettre une compatibilité et une cohérence internationale. Il doit aussi mettre fin à un des abus du doctorat qui consiste à se servir de doctorants comme des assistants corvéables pendant de nombreuses années.
Dans le cadre de l'Initiative d'excellence les écoles doctorales doivent servir de pilier à la promotion des jeunes élites et sont financées à hauteur de 60 millions d'euros chaque année. Actuellement 10% des doctorants sont dans ces écoles.
Le VDMA n'est pas le seul à s'inquiéter de ce nouveau système. Ainsi l'Académie allemande des sciences techniques (Acatech), Ernst Schmachtenberg, actuel président de la TU9 (réunion des neuf universités techniques de premier plan), mais aussi recteur de l'Université technique d'Aix-la-Chapelle (RWTH Aachen), soulignent l'importance des projets en collaboration avec l'industrie dans la formation de doctorant en sciences de l'ingénieur. C'est en effet une des marques de fabrique de la formation des ingénieurs allemands. Pour eux, les politiques ont surtout été motivés par les perspectives d'économies qu'offre le nouveau système d'écoles doctorales, bien moins cher que le financement de postes d'assistants au sein des universités. Mais ces postes sont nécessaires pour attirer les meilleurs éléments au sein des laboratoires universitaires. De plus, ces projets de doctorats au sein des universités sont très souvent financés par des entreprises. Dans le cadre de leur promotion, les doctorants doivent pouvoir bénéficier de cours de management, de droit, etc.... Mais cela ne doit pas représenter plus de 10% du temps de travail.
Toutefois, Margret Wintermantel, présidente de la Conférence allemande des présidents d'université (HRK - Hochschulrektorenkonferenz), dresse un bilan positif et entrevoit des perspectives prometteuses pour ces écoles doctorales, malgré les critiques des sphères économiques. Elle soutient au contraire que dans les sciences techniques, les écoles doctorales amélioreront les relations entre les universités, les centres de recherche et les entreprises.