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Informatique
La bio informatique au secours de la génétique

http://www.bulletins-electroniques.com/actualites/70259.htm

Des chercheurs d'IRIDIA apportent une réponse technologique au stockage, à la gestion et à l'analyse des milliards de données génétiques. Une recherche de plusieurs années soutenue par la Région de Bruxellescapitale.

En 2003, le premier génome humain était séquencé pour le prix de... 3 milliards de dollars. En janvier 2012, la société Life Technologies annonçait pour la fin de l'année ce même séquençage pour seulement 1.000 dollars ! D'ici 2014, près d'un million de génomes humains devraient être sequencés ! Obtenir un génome n'est désormais plus une limite.

Stockage ?

Mais d'autres questions se posent. Où ces millions de génomes seront-ils stockés ? Comment les sécuriser ? Comment les croiser pour des diagnostics ou des études cliniques par exemple ? Les compétences informatiques de "datamining" sont devenues incontournables en génétique. Depuis plusieurs années, l'Institut de recherches interdisciplinaires et de développements en intelligence artificielle (IRIDIA) de l'Ecole polytechnique de Bruxelles travaille sur ces questions.

InSilico

C'est le projet InSilico, soutenu par la Région de Bruxelles-capitale, qui se termine cette année : IRIDIA, en collaboration avec une équipe de la VUB et l'IRIBHM, Faculté de Médecine ULB travaillent depuis six ans à la structuration des données génomiques. Une publication est parue dans la revue Bioinformatics, une autre est en préparation. " Nous avons réussi à structurer les millions de données publiques disponibles sur le génome humain.

Toute personne qui veut utiliser ces données, les reçoit déjà nettoyées, structurées selon sa requête, validées par des experts en passant par notre interface. Le chercheur peut ainsi se consacrer plus rapidement à l'objet même de sa recherche ", explique David Weiss, coordinateur du projet In Silico. " Aujourd'hui, nous disposons chez IRIDIA de la plus grande base de données génétiques au monde revues par des experts. Nous continuons à la développer pour créer en quelque sorte le " Google " de la génomique : tout chercheur, tout médecin pourrait y introduire une requête et trouver des dizaines d'informations. "

Le cancer est sans doute le domaine d'application pharmacologique le plus prometteur : la recherche recourt énormément au séquençage pour le comprendre.

Enlighten Bioscience

Le projet est désormais passé dans une seconde phase, celle de la valorisation économique, toujours avec le soutien de la Région de Bruxelles-Capitale. Aidé par l'Office de transfert technologique de l'ULB (TTO) et du Biopark Incubator, l'équipe est en train de créer une spin-off, Enlighten Bioscience. Emmenés par David Weiss, les chercheurs d'IRIDIA sont en effet capables aujourd'hui de proposer une solution technologique au stockage, à la gestion et à l'analyse des données génétiques produites par des laboratoires, hôpitaux, etc. Une version demo est disponible sur internet (http://insilico.ulb.ac.be). Elle compte quelque 500 utilisateurs parmi lesquels les prestigieux MIT (Massachusetts Institute of Technology), Oxford University ou encore dix " big pharma " et entreprises " biotech ", etc. La technologie devrait également intéresser les acteurs de l'environnement ou de l'agro-alimentaire appelés eux aussi à gérer de plus en plus de données génétiques.

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BE Belgique numéro 62 (11/06/2012) - Ambassade de France en Belgique / ADIT - http://www.bulletins-electroniques.com/actualites/70259.htm