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Sciences de la vie et santé
L'IRB lance une plateforme 3D de visualisation des interactions de protéines

http://www.bulletins-electroniques.com/actualites/71989.htm

Interactome3D, une plateforme collaborative de visualisation de plus de 12.000 interactions de protéines en 3D, a été dévoilée en décembre par l'Institut de Recherche Biomédicale (IRB) [1,2,3]. Cet outil permet aux chercheurs du monde entier de visualiser les interactions clés dans les processus du vivant. A partir de là, ils peuvent comprendre mieux les mécanismes moléculaires jouant un rôle dans l'apparition de maladies ou ceux dans lesquels vont intervenir les médicaments pour combattre ces maladies.

Une maladie est souvent provoquée par un dysfonctionnement dans la machinerie moléculaire qui assure le développement des cellules. Le décodage du génome et les avancées en biologie moléculaire ont permis ces dernières décennies de dresser une liste de l'ensemble des molécules qui interviennent dans ces processus, principalement des protéines. L'étape suivante à laquelle travaille les chercheurs consiste à se doter du plan complet d'interaction de ces molécules entre elles. Une des difficultés est alors de pouvoir visualiser et comprendre simplement ces interactions.

C'est l'objectif de la nouvelle plateforme Interactome3D développée en collaboration avec le Barcelona Supercomputing Center (BSC). Comme l'explique Patrick Aloy à l'origine du projet, la plateforme est destinée aux biologistes moléculaires et cellulaires, sans connaissances préalables poussées. "En quelques clics, vous pouvez obtenir l'information que vous recherchez et vous n'avez pas besoin d'être bioinformaticien pour naviguer sur la plateforme ou pour regarder et interpréter vos résultats". L'intérêt de la plateforme est de fournir en plus les données des interactions moléculaires entre les protéines, un élément essentiel pour comprendre comment des modifications dans une protéine - dues par exemple à une mutation génétique - vont venir modifier les processus auxquels elle participe.

La plateforme réunit les connaissances sur huit organismes modèles utilisés par les chercheurs dans le monde entier : la plante Arabidopsis thaliana, le ver Caenorhabditis elegans, la mouche Drosophila melanogaster, les bactéries Escherichia coli et Helicobacter pylori, la levure Saccharomyces cerevisiae, la souris Mus musculus, et, bien sur, Homo sapiens.

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- [1] Interactome3D: adding structural details to protein networks. R. Mosca et al., Nature Methods, doi:10.1038/nmeth.2289, 16/12/2012 - http://redirectix.bulletins-electroniques.com/2tXJl
- [2] Le site internet de la plateforme Interactome3D : http://interactome3d.irbbarcelona.org/
- [3] Le site internet de l'IRB : http://www.irbbarcelona.org/index.php/en

Code brève
ADIT : 71989

IRB Barcelona develops the first public-access resource that provides 3D information at molecular level for 12,000 protein interactions, IRB News, 17/12/2012 - http://redirectix.bulletins-electroniques.com/p1OmP

- Vincent Reillon, Attaché pour la Science et la Technologie
- vincent.reillon@sst-bcn.com

BE Espagne numéro 122 (15/01/2013) - Ambassade de France en Espagne / ADIT - http://www.bulletins-electroniques.com/actualites/71989.htm